A pequena dimensão da ilha de Formentera e o seu baixo relevo determinam que as características climáticas variem muito pouco de um local para o outro. Mesmo assim, existem pequenas variações, principalmente de temperatura e humidade, entre as partes mais baixas da ilha e promontórios micénicos de La Mola e o Cap de Barbaria.

Em qualquer caso e em geral, o clima característico da ilha é tipicamente mediterrânico, podendo ser classificado como um clima temperado quente. Dentro desta variedade, a ilha seria incluída na subvariedade climática Levantina-Balear.

Durante o Verão, a ilha de Formentera, da mesma forma que o resto do Mediterrâneo Ocidental, mantém-se a este do anticiclone dos Açores. Desta forma, os valores de pressão máxima devem-se à extensão para Este do referido anticiclone. Esta situação é a mais habitual no Verão, em que são atingidas as temperaturas máximas com períodos menos chuvosos.

Por outro lado, no Inverno, devido a uma situação muito mais meridional das altas pressões atlânticas, a actividade ciclónica parece afectar completamente o clima de Formentera, trazendo chuvas e frentes na sua direcção.

Em qualquer caso, a ilha de Formentera é a que apresenta o clima mais quente e menos chuvoso do Arquipélago das Baleares.